El joven conductor cordobés hizo carrera en Ben Hur de Rafaela, donde integró el plantel campeón de la Liga Sudamericana en el año 2006 y Liga Nacional en el 2007.

Su mejor marca la obtuvo en la temporada 2007-08 en la que promedió 9,5 puntos (45,1 % en tiros de dos puntos, 41 % en triples y 88,2 % en tiros libres), 2 asistencias, 2 robos de balón y 1,2 rebotes.

Tras un año en el exterior, regresó a la Liga Nacional en la 2009-10 para vestir por primera vez la camiseta de Olímpico. En la oportunidad registró por partido, 4,1 puntos (69,4 % en tiros de dos puntos, 37 % en triples y 74,5 % en tiros libres), 1,8 asistencias, 1,2 rebotes y 0,7 robos de balón en 17,3 minutos de juego.

En la 2011-2012, y tras un paso por el Illescas español en la LEB Plata, Machuca regresó a Olímpico con una perfomance de 5,4 puntos por partido (52,3% en dobles, 32,8% en triples y 78,5 en libres), 2 asistencias, 1,1 rebotes, en 17, 6 minutos por encuentro.

En el plano internacional, Jonatan Machuca integró el plantel nacional U19 en el año 2007, en Izmir y en el Sudamericano de cadetes 2005 en Piriapolis, Uruguay, en donde Argentina consiguió el título.

Con esta contratación, Olímpico ya cuenta hasta el momento con: Hernando Salles (base), Jonatan Machuca (base), Ariel Pau (escolta), Fabián Ramírez Barrios (alero) y Cristian Amicucci (pívot).

Informe: Guillermo Japaze – Prensa Olímpico