En la Liga Nacional en la 2009-10 registró por partido, 4,1 puntos (69,4 % en tiros de dos puntos, 37 % en triples y 74,5 % en tiros libres), 1,8 asistencias, 1,2 rebotes y 0,7 robos de balón en 17,3 minutos de juego.

En la 2011-2012, y tras un paso por el Illescas español en la LEB Plata, Machuca regresó a Olímpico con una perfomance de 5,4 puntos por partido (52,3% en dobles, 32,8% en triples y 78,5 en libres), 2 asistencias, 1,1 rebotes, en 17,6 minutos por encuentro (47).

En la edición 2012 – 2013 estuvo presente en 46 ocasiones firmando los siguientes números: (7.2 puntos por juego, 1.8 asistencias, 1.8 rebotes) en 24,6 minutos por partido.

En la temporada 2013 – 2014 y también con la camiseta de Olímpico, el base sufrió una lesión en su rodilla derecha que le impidió completar la campaña quedándose fuera de los playoffs con un promedio de 9.8 puntos, 2.2 rebotes y 3.2 asistencias en 34 partidos.

Jonathan Machuca registra pasos además por Ben Hur de Rafaela, Libertad de Sunchales, Gimnasia de Comodoro Rivadavia y recientemente en el ABA Ancud de la Liga Chilena​.

Informe: Guillermo Japaze – Prensa Olímpico